Gjatë periudhës së sundimit jugosllav në Kosovë shumë xhami u shkatërruan, veçanërisht gjatë Luftës në Kosovë (1998-1999), që përbënte një krim lufte e që shkeli Konventën e Hagës e të Gjenevës. Gjatë luftës, 225 nga 600 xhamitë në Kosovë u dëmtuan ose shkatërruan, së bashku me objekte të tjera islame. Në mesin e xhamive të shkatërruara nga forcat pushtuese serbe, ishte edhe Xhamia tek Ura e Ibrit, të cilën e dogjën më 2 maj, 1999, në përpjekje që të largojnë çdo gjë Islame dhe shqiptare.
Kjo xhami ndodhej në cepin e djathtë të Urës së Ibrit, në bregun verior të lumit
Xhamia e Ibrit bashkë me mullirin dhe urën, përbënin panoramën kryesore të vjetërsisë së qytetit.
Për rindërtimin e kësaj xhamive është folur shpesh, por, pa ndonjë veprim konkret. Serbët që dikur e dogjën, e të cilët edhe sot e dominojnë këtë pjesë të Mitrovicës, nuk e duan dhe nuk e lejojnë rikthimin e saj.
